Akhir semester merupakan salah satu moment yang paling ditunggu oleh para orangtua untuk mendaftarkan putra-putrinya mengikuti Seleksi Kelas Khusus (SKK) di Klinik Pendidikan MIPA (KPM). SKK sendiri merupakan bagian dari komitmen KPM dalam mencetak lebih banyak siswa berprestasi di bidang Matematika dan IPA  melalui pembinaan terstruktur, berkelanjutan, dan berbasis penalaran. Moda pelaksanaan SKK mencakup SKK Offline dan SKK Online. SKK Offline terdiri dari dua tahap pelaksanaan, sedangkan SKK Online hanya satu tahap pelaksanaan.

SKK Offline Tahap 1 yang berupa tes akademik, sebelumnya telah terlaksana dengan lancar di tanggal 23 November 2025. Untuk SKK Offline Tahap 2 selain tes akademik (berupa soal essay) juga ada test olahraga bagi siswa serta wawancara tertulis bagi orangtua. Dilaksanakan pada Minggu 14 Desember 2025 bertempat di Al Azhar Syifa Budi Cibinong Bogor. Sebanyak lebih dari 250 siswa yang lolos di tahap 2 berkesempatan mengikuti rangkaian tes tersebut. Peserta yang lolos tahap 2 ini adalah peserta yang sudah terseleksi dari 600 siswa di tahap 1. Adapun level peserta mencakup level SD (kelas 2 – 6), level SMP (kelas 7 – 9), dan level SMA (kelas 10) untuk bidang Matematika. Sementara itu, untuk bidang IPA diikuti oleh peserta level SD (kelas 3 – 6) dan level SMP kelas (7 – 9).

Terkait waktu pelaksanaan, tes dibagi menjadi dua sesi. Setiap sesi mencakup kegiatan pembukaan, tes akademik, tes olahraga dan baris berbaris, serta wawancara tertulis bagi orangtua murid. Sesi 1 diikuti oleh peserta kelas 2 – 6 SD bidang Matematika. Setelah itu, dilanjutkan sesi 2 yang diikuti oleh peserta kelas 7 – 9 SMP dan kelas 10 SMA Bidang Matematika serta kelas 3 – 6 SD dan kelas 7 – 9 SMP Bidang IPA.

Siti Khoerunnisa, S.E., Kepala Divisi Pendidikan KPM mengungkapkan bahwa diadakannya tes olahraga dan baris berbaris adalah untuk melatih calon siswa KPM agar bisa memiliki fisik yang sehat dan kuat, sehingga nantinya seimbang antara kemampuan akademik dan fisik yang kuat. Selain itu, wawancara tertulis bagi orangtua dilakukan untuk melihat tingkat komitmen dan dukungan calon orangtua siswa untuk mendukung putra putrinya dalam mengasah kemampuan akademiknya, terutama jika nanti menjadi siswa kelas khusus KPM.